Onder een protocol verstaat Fuga alle acties die door een dierenarts kunnen worden gesteld waarbij één of meerdere handelingen worden gecombineerd met het gebruik van hulpstoffen (producten). Voorbeelden van protocols: de castratie van een kater, een keizersnede van een rund, etc. Dit protocol kunt u vervolgens toepassen in een consultatie. Het voordeel van het gebruik van protocols in een consultatie is dat u bij een vaak terugkomende actie niet telkens opnieuw alle gebruikte hulpstoffen en toegepaste handelingen moet registreren, aangezien dat automatisch gebeurt. Bij het toevoegen van het protocol worden de producten uit de stock genomen.